Per due stagioni consecutive vengono raggiunti i play-off promozione e, mentre nel ’97-’98 è la Cremonese che nelle semifinali supera il Lume di Gustinetti, nella stagione ’98-’99 viene raggiunta la finale da disputare con la Pistoiese. Sulla panchina siede Alessandro Scanziani, artefice di una prodigiosa rimonta nella seconda parte del campionato. Tutto sembra essere pronto per il grande salto verso la B, ma succede il fattaccio, qualcosa che non ha nulla a che vedere con il calcio giocato, e si resta impotenti davanti ad un sopruso, ad un torto ancora oggi duro da digerire. Una gara combattuta sorride ai toscani 2-1, ma sul risultato ha un peso specifico decisivo il lancio di un petardo che costringe il portiere del Lumezzane Borghetto al ricovero in ospedale.

Ma la vita continua, si volta pagina e si arriva quindi al 24 maggio 2002 quando, con le dimissioni presentate dall’ex presidente Aldo Bonomi al consiglio dei soci, viene eletto come suo successore Giambattista Prandelli. È il tredicesimo presidente del sodalizio valgobbino. Ma il suo mandato dura soltanto sette mesi. Il 24 febbraio 2003 viene eletto dal consiglio d’amministrazione il suo successore: Gianbortolo Pozzi, già direttore generale del club.

Tre anni seduto sulla poltrona più importante di una società che, con la sua presidenza, sfiora per la seconda volta nella sua storia la promozione in serie B. E per la seconda volta viene scippata del meritato premio. Di nuovo a decidere le sorti di un campionato non è il valore dei giocatori in campo, ma qualcos’altro…
È il 20 giugno 2004 il giorno della maledetta finale con il Cesena. Al Saleri si disputa la finale playoff di ritorno tra Lumezzane e Cesena (all’andata 1-1 al Manuzzi). I rossoblù̀ escono sconfitti 2-1 ai supplementari in una sfida passata alla storia per la rissa in cui l’allenatore dei bianconeri Castori prese a calci in testa il rossoblù̀ Strada dopo l’1-1 guadagnandosi una lunga squalifica, mentre il capitan romagnolo Rea salta su di lui come riportano le cronache.

La storia di questa squadra rischia di finire in quei giorni. La società, tre mesi più tardi e in coda ad una riunione con tutti i soci, decide di rispettare i contratti non ancora in scadenza, senza però intervenire sul mercato. Anzi, cede i pezzi migliori e inizia il suo ottavo campionato in C1 con un organico ricco di giovani promossi dalle giovanili. Ma questa volta il destino si ricorda dei colori cari al cuore valgobbino, e l’impensabile si avvera con due domeniche di anticipo rispetto alla conclusione del campionato 2004-2005. Il Lumezzane saluta una salvezza inimmaginabile, e, nonostante ciò che era successo dodici mesi prima resti un ricordo ancora difficile da accettare, riaffiorano sintomi di un entusiasmo che sembrava ormai perso. Viene allestita una squadra sulla carta più dotata: purtroppo solo sulla carta.

Il confermato Marco Rossi non riesce nell’impresa agguantata un anno prima. Viene esonerato, gli subentra Valter Salvioni, ma lo spareggio play–out con la Sambenedettese consegna la retrocessione in C2, dopo nove stagioni consecutive in C1. La presidenza Pozzi conosce la sua conclusione in una serata estiva: è giovedi 6 luglio. Il consiglio dei soci elegge Renzo Cavagna.
Il primo anno di presidenza Cavagna vede il Lumezzane salvarsi ai play-out nel doppio confronto con la Biellese. 1 a 0 a Biella per i piemontesi, 3 a 1 a favore dei rossoblù nel ritorno in Valgobbia. Campionato a due facce: buon girone d’andata, otto successi e sette risultati utili consecutivi tra settembre e novembre 2006, pessimo girone di ritorno dove i rossoblù non ottengono nemmeno una vittoria. La salvezza arriva in extremis. Nella stagione 2007-2008 alla guida del Lumezzane arriva Mario Petrone, tecnico giovane ma di successo. La società punta alla promozione e l’inizio è promettente: Lumezzane primo in classifica al termine del girone di andata, ma nel ritorno qualcosa si inceppa. Petrone in primavera viene esonerato. Al suo posto arriva Leonardo Menichini, secondo di Mazzone per tanti anni, e il tecnico toscano riesce a ridare compattezza alla squadra. Il Lume vince, per la prima volta, i Play-off promozione, contro i trentini del Mezzocorona, e torna in serie C1 dopo un doppio pareggio.

Nella stagione 2008-2009 i rossoblù disputano un buon campionato, non sono mai nella zona che scotta della classifica. Giocano bene, non demeritano mai, nemmeno contro avversari di “blasone” superiore. Le vittorie casalinghe con Pro Patria, Ravenna, entrambe giunte ai play-off, e Padova, promosso in serie B e a cui i rossoblù hanno strappato 4 punti su 6, danno la dimostrazione della stagione molto positiva del Lumezzane. Gazzoli in porta è una sicurezza, Nicola un trascinatore, Pintori con 10 gol è il capocannoniere ma è tutto l’organico a disposizione di Menichini da elogiare. A quattro gare dal termine del campionato, dopo le vittorie esterne contro la Spal e il Lecco e i successi casalinghi contro Legnano e Pro Sesto, il Lume è ad un passo dai play-off. Nel finale un paio di passi falsi fanno scivolare i rossoblù al nono posto, ma non oscurano il gran lavoro fatto in estate dalla società, dal direttore sportivo Luca Nember e sul campo dall’allenatore Menichini e dal suo staff.

La stagione 2009-2010 riserverà parecchie soddisfazioni ai colori rossoblù: i ragazzi guidati da Leonardo Menichini lottano per la zona nobile della classifica, perdendo il treno play-off nelle ultime due giornate classificandosi al 6 posto. Ma alla fine della stagione rimarranno indelebili nella storia della società due immense soddisfazioni. Arriva il 28 aprile 2010 il primo importantissimo trofeo della storia dell’A.C. Lumezzane: la Coppa Italia di Lega Pro vinta nella doppia finale contro il Cosenza vincendo 4 a1 in casa, grazie alla doppietta di Emerson ed agli acuti di Daud e Bradaschia e pareggiando 1 a 1 in trasferta, rete di Scotto, dopo aver superato nelle qualificazioni Rodengo Saiano, Pro Patria, Verona, Potenza e Varese in semifinale. La seconda soddisfazione agonistica il Lume la ottiene nella Coppa Italia Tim dove i ragazzi del tecnico Menichini arrivano addirittura alla soglia dei quarti: partiti ai preliminari nel mese di agosto, riescono a giungere agli ottavi di finale dopo aver superato nell’ordine Fano, Gallipoli, Ancona e Atalanta in trasferta, ma il sogno si infrange allo Stadio Friuli uscendo sconfitti per 2 a 0 dall’Udinese.

Nella stagione 2010-2011 la società affida il timone della panchina al debuttante Davide Nicola, che tre mesi prima aveva alzato la Coppa Italia a Cosenza. Dopo aver deciso di appendere le scarpe al chiodo e fresco di patentino a Coverciano, guida una squadra piena di giovani ad un brillante sesto posto sul campo a quota 50 punti, condividendo l’ultimo posto per l’accesso ai play-off con il Verona, ma a causa degli scontri diretti sono gli Scaligeri a lottare per la B. La classifica finale, a causa di una sconfitta a tavolino con l’Alessandria per aver fatto giocare un tesserato squalificato con i dilettanti nell’anno precedente, ha visto i rossoblù collocarsi al settimo posto con 46 punti. Nella stagione seguente, 2011-2012, Nicola continua a lavorare con un gruppo giovane, ma con importanti innesti d’esperienza e conquista l’accesso alla Coppa Italia nazionale grazie all’ottavo posto e ai 43 punti raccolti.

Dopo il biennio targato “Nicola” in rossoblù arriva Gianluca Festa, allenatore della Primavera del Cagliari con trascorsi da calciatore tra Serie A e Premier League. È una stagione che inizia con il passaggio del primo turno della Coppa Italia, battendo per 3 a 0 la Sarnese. Al secondo turno si va a Novara e nonostante uno scoppiettante 4- 3 i rossoblù sono eliminati con l’onore delle armi. Quindi si comincia il percorso della Coppa Italia Lega Pro con la vittoria al primo turno sull’Albinoleffe per 2 a 1, poi al secondo turno in trasferta i ragazzi di Festa si regalano un’altra impresa battendo il Sud Tirol per 2 a 0. Nel girone a tre squadre del terzo turno, però, la sconfitta per 4-0 con il Pisa rende vano il successo sul Bassano per 3 a 2. La stagione comunque è più complicata rispetto alle aspettative ed alla ventisettesima giornata Festa viene esonerato per il subentrante Raffaele Santini, che sale  dalla panchina Berretti e porta la squadra alla salvezza con un onorevole 8° posto.

Nella stagione 2013-14 la squadra è affidata a Michele Marcolini che esordisce in Coppa Italia con un secco 3 a 0 alla Massese ed al secondo turno sfiora l’impresa al San Nicola di Bari perdendo solo ai rigori per 4-3 dopo l’1-1 dei supplementari. Il cammino si interrompe al primo turno anche nella Coppa Italia di LegaPro con la sconfitta di Vercelli per 3-0. In questa stagione non ci sono retrocessioni per la riforma dei campionati che portano la Serie C ad un girone unico e quindi si punta su una squadra giovane, chiudendo al 14° posto.

La stagione successiva, 2014-15 in panchina siede Paolo Nicolato, vincitore del campionato Primavera con il Chievo. Si comincia con il successo per 2-0 sulla Giana Erminio nella Coppa Italia di LegaPro. Il successivo pareggio con la Pro Patria per 2-2 consente il passaggio del primo turno. Ma nei sedicesimi di finale la sconfitta per 1-0 nel derby con la FeralpiSalò ferma il cammino dei rossoblù. La stagione si presenta molto difficile ed alla decima giornata Nicolato viene sostituito con Braghin che tenta di risalire, invano la classifica. Così alla 29ª giornata ritorna Nicolato che conquista i play-out ed ottiene la sospirata salvezza battendo in casa per 1-0 e poi in trasferta per 2-0 la Pro Patria, grazie ad un Sergio Cruz decisivo con i suoi 2 gol.
Nel 2015-16 comincia Giancarlo D’Astoli con la sfortunata eliminazione per differenza reti dalla Coppa Italia di Lega Pro, dopo la Vittoria sul Renate ed il pareggio con la Pro Piacenza. Il campionato non riserva grandi soddisfazioni ed alla 15ª giornata ritorna Paolo Nicolato che nelle otto partite successive non riesce a dare la svolta alla stagione. Viene deciso il nuovo cambio in panchina con l’arrivo di Antonio Filippini che con un finale in crescendo chiude al 13° posto che vale una salvezza anticipata.

Si ricomincia quindi nella stagione 2016-17 con Antonio Filippini che con una vittoria a Renate per 2 a 0 sembra poter superare il primo turno di Coppa Italia Lega Pro, ma la sconfitta interna sempre per 2 a 0 con la Giana Erminio determina l’eliminazione. Il campionato inizia con alterne fortune fina alla ottava giornata quando viene affidata la panchina a Luciano De Paola che nelle sedici gare a disposizione non riesce a tenere la squadra lontana dalla zona retrocessione. Arriva quindi il tandem composto da Mauro Bertoni ed Aldo Nicolini ma la stagione si chiude con la retrocessione decretando il ritorno dei rossoblù nei campionati dilettanti.

Il 2017-18 comincia con una battaglia legale per la riammissione in Serie C, ma la Lega e la federazione sono irremovibili. Quindi la stagione inizia con il tecnico Rosolino Puccica e con una squadra di giovani, composta quasi interamente da ragazzi della Berretti.   Una lunga serie di sconfitte sembra decretare un’altra  anticipata retrocessione dei rossoblù, ma con i rinforzi inseriti gradualmente, la squadra risale la classifica e sembra poter conquistare la salvezza. 

Alla 38ª giornata Puccica viene esonerato e sostituito con Nadir Brocchi che guida la squadra nei play-out con il Ciserano. La partita, segnata da una direzione di gara molto contestata, decreta la sconfitta per 3 a 2 e la retrocessine in Eccellenza. Nei giorni successivi il presidente Renzo Cavagna comunica al sindaco la sua volontà di passare la mano. Dopo un mese intenso di incontri e di proposte la situazione non si sblocca. La società, che aveva iscritto la squadra al campionato di Eccellenza e fatto richiesta di ripescaggio in Serie D, nei primi giorni di agosto rinuncia formalmente e viene messa in liquidazione, cessando le attività.